يدمر العديد من الفاعلين بالسطح من بولي ألكلوكوسيد ألكيل المُصنَّع كيميائياً البيئة الإيكولوجية بسبب انكسارها وسُميتها وتراكمها في النظام الإيكولوجي. في المقابل ، المواد الحيوية قابلة للتحلل البيولوجي وغير سامة للبيئة البيئية. إنه أكثر ملاءمة للسيطرة على التلوث في الهندسة البيئية. على سبيل المثال ، في عملية معالجة المياه العادمة ، يمكن استخدامه كجهاز لجمع الطفو لامتصاص جزيئات المعادن المشحونة لإزالة أيونات المعادن السامة ، وإصلاح المواقع الملوثة بالمواد العضوية والمعادن الثقيلة.
يكلف استخراج منتجات التخمير (المعروفة أيضًا باسم المعالجة النهائية) حوالي 60٪ من إجمالي تكلفة الإنتاج ، وهو ما يمثل عقبة رئيسية أمام تسويق منتجات المواد الحيوية. تختلف طريقة الاستخراج المثلى للعوامل الحيوية مع عملية التخمير وخصائصها الفيزيائية والكيميائية.
فيما بينها ، استخراج المذيبات هي طريقة استخراج الأكثر استخداما. على سبيل المثال ، يمكن الحصول على Kuyukina والعوامل الحيوية الأخرى التي تنتج عن طريق استخراج Rhodococcus بواسطة إيثيل ميثيل ثلاثي بوتيل إنتاجية أعلى من 10 ملغم / لتر.
الترشيح الفائق هو طريقة جديدة لاستخراج العوامل الحيوية. لين وآخرون. استخلص المستحضر الحيوي لليبوببتيد من الحويصلة الرقيقة من مرق التخمير مع غشاء الترشيح الفائق مع قطع الوزن الجزيئي من 30،000 دا ، مع عائد 95 ٪. ماتي وآخرون. صمم جهاز استخراج متواصل للعوامل الحيوية التي يمكن استخراجها بشكل مستمر باستخدام طريقة ترشيح تدفق الأوجه مع غلة تصل إلى 3 جم / لتر.
تشتمل طرق استخراج المنتج المتوافقة مع إنتاج التخمير المستمر على فصل الرغوة وطريقة راتنج التبادل الأيوني وما شابه. ديفيس وآخرون. المستخرجة بشكل مستمر من Shapirin Bacillus subtilis بواسطة طريقة فصل الرغوة ، وكان العائد 71.4 ٪. تتم عملية استخراج rhamnolipid عن طريق الترشيح بالطرد المركزي لإزالة الخلايا ، ثم يتم تركيز rhamnolipid على راتنج Amperite XAD-2 بواسطة كروماتوجرافيا الامتزاز ، تليها كروماتوجرافيا التبادل الأيوني ، وأخيراً يتم تبخير السائل وتجفيفه بالتجميد. يمكن الحصول على المنتج النهائي بنقاء 90٪ بعائد 60٪.
بالمقارنة مع طريقة التخمير الميكروبي ، فإن جزيئات الفاعل بالسطح التي تم تصنيعها بالطريقة الأنزيمية هي في معظمها جزيئات ذات بنية بسيطة نسبيًا ، ولكن لها أيضًا نشاط سطح ممتاز. تتمثل المزايا في انخفاض تكلفة الاستخراج للمنتج ، وتحسين البنية الثانوية المريحة ، والتنقية السهلة ، والإنزيمات غير القابلة لإعادة الاستخدام ، ويمكن استخدام الفاعل بالسطح المركب إنزيميًا لإنتاج منتجات ذات قيمة مضافة عالية مثل المكونات الصيدلانية. على الرغم من أن تكلفة إعداد الإنزيم مرتفعة في هذه المرحلة ، فمن المتوقع أن تقلل تكلفة الإنتاج من خلال تعزيز استقرار ونشاط الإنزيم بواسطة تكنولوجيا الهندسة الوراثية.